Nur wenn ich www.meinedomain.de/index.php angebe, kommt der korrekte Seiteninhalt

Index-Dateien werden mit folgender Priorisierung angezeigt:

1. index.html
2. index.htm
3. index.php
4. index.php3
5. index.php4
6. index.php5
7. index.shtml
8. index.shtm
9. index.sht
10. index.cgi
11. index.pl

Sehr wahrscheinlich haben Sie mehrere Index-Dateien definiert. Löschen Sie die index.html bzw. index.htm-Datei, damit die index.php per Standard angezeigt wird, wenn Ihre Domain aufgerufen wird.